След петнадесет години в изгнание, Орест се завръща в родния си град Аргос, за да открие, че майка му (Клитемнестра) и нейният любовник (Егист) са убили баща му – цар Агамемнон. Узурпаторите на трона държат народа в робство и нищета чрез страх, сестрата на Орест, Електра, е превърната в слугиня. Какво следва?
Използвайки древен митологичен материал като основа, Сартър успява умело да насочи вниманието ни към важни за добруването на личността и обществото теми. На първо място темата за свободата. Сартър твърди, че „човек е осъден да бъде свободен”. Никой няма власт над нас, докато ние не изберем да му дадем тази власт. Свободата е дар, но и бреме, тя е отговорност. Темата за избора. Тъй като екзистенциалистите вярват в радикалната лична свобода, всичко е въпрос на избор. Ние избираме ценностите си, избираме идентичността си и дори избираме дали да сме живи или не. Създавайки и непрекъснато пресъздавайки себе си, човекът трябва да избере набор от ценности чрез действие. Важно е да се отбележи, че действието, а не мислите, вярванията или стремежите съставляват този избор. Избирайки определена ценност (честност, свобода, разкаяние и т.н.), ние я създаваме. За Сартр избягването на избор означава бягство от личната свобода или самоизмама. Темата за вината. Вината е наложена от владетелите на кралството – Егист и Юпитер, те използват угризенията като инструмент за потискане на своите поданици. Докато населението е заето да се покайва и съжалява, то е отдалечено от личната си свобода. Народът на Аргос е забравил, че от него зависи да избере ценностна система и да реши - кое е правилно и кое не. Вместо сами да избират, те позволяват на външна сила да им наложи система от морал.
"Мухите" (подобно на основната идея на екзистенциализма) има за цел да предаде на хората, че силата на царете и боговете се основава само на факта, че хората не знаят, че всъщност са свободни. Свободни да вземат сами решения, да вървят по своя път, вместо да обвиняват за всичко някой авторитет и така да прехвърлят отговорността.
Това е много повече от пиеса – Сартр призова към съпротива.